Chương trình đặt mục tiêu đến năm 2025, các hệ sinh thái nước ngọt quan trọng được phục hồi, bảo vệ. Nhằm mục tiêu phục hồi tính nguyên vẹn hệ sinh thái và đa dạng sinh học, tăng cường quản trị tài nguyên nước tại các lưu vực sông trọng điểm của Việt Nam.