Theo ông Phạm Đình Huỳnh, Phó Trưởng ban Quản lý vịnh Hạ Long cho biết, nhờ các hoạt động trên, từ trạng thái bị suy thoái, rạn san hô vịnh Hạ Long đang có dấu hiệu khôi phục tốt, phát hiện những rạn có độ phủ cao trên 60% và có nhiều san hô cành phát triển (đây là nhóm rất nhạy cảm với môi trường và có nguy cơ bị xâm phạm cao).
Ban Quản lý vịnh Hạ Long phối hợp với UBND thành phố Hạ Long và các ngành liên quan thường xuyên triển khai các hoạt động: Tuyên truyền, nhắc nhở, hướng dẫn phương tiện thủy không được neo đậu trên các rạn san hô; tuần tra, ngăn chặn hành vi đánh bắt thủy sản trong vùng cấm đánh bắt, xử lý nghiêm hành vi đánh bắt không đúng nơi quy định, đặc biệt là hành vi đánh bắt bằng hình thức, công cụ hủy diệt.
Hiện nay, trên vịnh Hạ Long có 110 loài san hô cứng và 37 loài san hô mềm, tập trung ở 18 rạn. Các khu vực có độ phủ san hô cao trên 30% nằm ở Cống Đỏ - Trà Sản, Hang Trai - Đầu Bê, có diện tích khoảng 5.108 ha. Các rạn san hô cành phân bố chủ yếu ở khu vực Trà Sản và Soi Ván, Lưỡi liềm.
Để bảo vệ các hệ sinh thái rạn san hô trên vịnh Hạ Long, những năm gần đây, Ban Quản lý vịnh Hạ Long điều tra, khảo sát (xác định vị trí, độ phủ, thành phần loài, mức độ đa dạng sinh học…), xây dựng cơ sở dữ liệu các hệ sinh thái rạn san hô làm cơ sở triển khai giải pháp bảo tồn. Bên cạnh đó, đơn vị cũng đào tạo nhân lực chuyên sâu về quản lý, bảo vệ hệ sinh thái rạn san hô; tổ chức tuần tra, kiểm soát thường xuyên, xử lý nghiêm hành vi vi phạm về khai thác, bảo vệ nguồn lợi thủy sản, trong đó có hành vi xâm hại hệ sinh thái rạn san hô.
Ban Quản lý vịnh Hạ Long thường xuyên quan trắc, giám sát định kỳ tình trạng bảo tồn hệ sinh thái rạn san hô để kịp thời phát hiện nguy cơ gây đe dọa và triển khai các giải pháp bảo vệ, khôi phục. Cùng với đó là khoanh vùng, bảo vệ nghiêm ngặt các rạn san hô có độ phủ cao, từ 30% trở lên; xác định vị trí, độ phủ, thành phần loài, xây dựng cơ sở dữ liệu, lập bản đồ khoanh vùng, đặt biển cảnh báo, không cho tàu thuyền hoạt động, tăng tần suất kiểm tra địa bàn.
Các hoạt động bảo vệ môi trường nước vịnh Hạ Long được tăng cường nhằm bảo vệ môi trường sống của các rạn san hô như: Nghiêm cấm hoạt động gây ô nhiễm; thu gom rác thải trôi nổi, đặc biệt là rác thải tại chân đảo, bãi cát là nơi thường có phân bố rạn san hô...
Năm 2019, Quảng Ninh đã ban hành quy chế quản lý vịnh Hạ Long, trong đó có quy định không đánh bắt thủy sản ở khu vực di sản vịnh Hạ Long. Quy định này đối với việc bảo tồn hệ sinh thái rạn san hô có ý nghĩa rất lớn bởi lẽ tàu thuyền đánh bắt thủy sản là nhóm phương tiện hầu như không có thiết bị bảo vệ môi trường, do vậy sẽ gây ô nhiễm môi trường nước, đặc biệt là ô nhiễm dầu, gây đục nước, là một trong những nguyên nhân chính làm chết san hô. Việc không cho phép đánh bắt tại khu vực di sản, đặc biệt là khu vực có rạn san hô sẽ ngăn chặn các hoạt động như kéo lưới, lưới vét, tạo lớp bùn trầm tích phủ lên gây chết các rạn san hô…
Các rạn san hô trên vịnh Hạ Long trải qua một thời kỳ dài bị suy giảm do ô nhiễm môi trường nước và do sự phát triển đột biến của ốc Drupella - một loài ốc chuyên ăn thịt san hô được phát hiện từ năm 2006. Ngoài ra, sự biến đổi khí hậu, đánh bắt hải sản, nuôi lông bè, hoạt động du lịch... cũng làm ảnh hưởng đến sự suy thoái của rạn san hô trên vịnh Hạ Long.
