Quy hoạch tổng hợp lưu vực sông Cửu Long nhằm bảo đảm an ninh nguồn nước trên lưu vực sông, tích trữ, điều hòa, phân bổ tài nguyên nước một cách hợp lý, khai thác, sử dụng tiết kiệm, hiệu quả nguồn nước ngọt, lợ, mặn gắn với bảo vệ, phát triển bền vững.